1925年2月25日，北京佛教藏文学院院长大勇率全体师生30人前往瀛台觐见九世班禅，班禅对北京佛教藏文学院学习藏文、探研佛法的行动给予褒扬，详细阐释了先显后密的修行次第，强调了藏密十善法及戒律的重要性，一一解答了学僧有关金喇顶大教王、大日、妙法莲华三经、唯识三十颂等的疑问，班禅开示说：

至言佛法大概分经咒二种，必先明经教大意，深识因果道理而后可学咒。入道要门尤重戒律。复次，佛教中有三法要，谓戒、定、慧，广则有八万四千经论具在，可习而知之也，又有三谓闻思修。凡读佛经须善自参悟，方可得其奥义。再者，发心学法最须认定一可信赖之喇嘛。

这可视为班禅第一次在内地向汉地信众弘法开示。同年3月，浙江巡阅使孙传芳电请班禅前往浙江弘法，因身体原因推迟行期。12日，中外各宗教界代表及各少数名流在瀛台拜见班禅。班禅宣讲佛旨，分析因果轮回，指出诸教皆行劝善止恶，广行博爱，他期望能万教大同，则万善可同归。随后，北京宗教界人士联合发起成立全国各宗教信徒国民会议协成会，选举班禅大师、王与揖等为执行委员。4月5日，九世班禅应杭州之邀，乘专列南下，经南京、上海，驻锡上海时，中华佛教会会长清海谒见班禅。清海认为，现代僧伽教育的缺失导致佛法日趋衰落，希望班禅能在内地弘扬佛法。班禅也引证了西藏佛教界大小五明之繁盛，提出以研读经典为要，内地佛教的发达在于佛学研究体系的重塑和完善。

1925年4月15日，九世班禅在杭州杨公祠传授了长寿佛心咒、文殊菩萨心咒，后又加传了观音菩萨心咒、金刚菩萨心咒等密咒。18日，班禅到著名的灵隐寺拜佛。23日到达上海，在欢迎会上，九世班禅谈到学佛以正心、正法、正身为三要。之后他又向在场的信众传授了释迦牟尼心咒，到会者约有千余人，其中还包括一些欧美人士。5月9口，九世班禅乘新江天轮往汉传佛教的观世音菩萨圣地普陀山礼佛。11日，在普陀山普济寺，班禅为1400多名僧众摩顶、布施。第二日，他在法会讲座上，向2000名僧众宣讲戒定慧是佛法根本之学。13日，班禅一行前往法雨寺。5月17日，九世班禅乘专列北上。又至五台山朝佛、传法，并短期闭关，直到7月底才返回北京驻锡***瀛台。此后一段时间，他主要在内蒙各地弘法。在蒙古传法期间，九世班禅曾往沈阳传法，并与张学良将军建立了良好的关系。1931年6月，九世班禅在南京参加国民会议后，应戴季陶等人之邀到南京宝华山的隆昌寺说法。这次他主要宣讲了藏密普传的六字真言。7月，王九龄、朱庆澜等北平的名流居士邀请九世班禅在雍和宫启建时轮金刚法会。常惺法师写了《时轮法会劝发起文》呈至九世班禅。班禅接受邀请，复函讨论显密共弘，劝导各割据势力以和平兴国。

1932年8月15日，应段祺瑞、吴佩孚及北平佛教团体的邀请，九世班禅在故宫太和殿举行他在内地的第六场时轮金刚法会，也是他为汉地信众举办的第一场时轮金刚大法会。 在北平的社会名流与政府高官如段棋瑞、吴佩孚夫妇、张学良、孙传芳、朱庆澜、曹汝霖、戴季陶夫妇等参与了这场筹备已久的法会；北平各佛教团体、僧俗群众参加法会者达数万人。陈元白、韩大载、汤芗铭、邓振矶与其子邓梦先等，皆在此时皈依九世班禅。这是民国时期藏传佛教传播运动中，在汉地开展的最大的一场藏密传法活动。它将该时期汉地的藏密热推向了前所未有的高潮。

1933年1月应戴季陶夫妇、王一亭、黄慕松等人之邀，九世班禅前往南京宝华山，并在护国隆昌寺向僧俗信众做药师七佛灌顶。经九世班禅的提议，护国隆昌寺作出定制，每年1月15日举行药师王如来佛供养法会。1934年3月，屈映光、段芝泉、王一亭等人为施主，九世班禅在杭州灵隐寺作了他在内地的第七场时轮金刚法会，历时8天，每天前来听受佛法者达数万人。在法会开始，班禅大师先为摄受弟子作了开示，他告诫弟子应先远离身心三过，依止六想。所谓身心三过即指：于上师说诸法胜义，不用心耳谛听思维；于上师说诸法胜义，当时听闻，旋即失忘；于上师说诸法胜义虽得听闻，而内心染污未净，为烦恼等之所垢障。云何六想，即于自己做病患想；于说法者，作医士想；于听说法，作药物想；受持教法，作治疗想；于如来尊，作正士想；惟愿佛法，常驻世想。如是六想是受持时轮金刚法必须的修持。在灌顶当天，九世班禅又对时轮金刚法的源流作了开示，明确指出此法出自香拔拉国，并讲了此法在西藏传播以来的流传情况之后，他又作了时轮金刚预备开示，他说：谓虽灌顶，根器未熟而于悉地欲得成就，譬如压榨砂土，终不成油，功力虚掷。如是受灌顶者，应当先于显教所述之决出心，信心坚固，虔诚持奉；复于一切苦恼众生，以大悲心，求为解脱；发菩提愿，为修习广大菩萨之行心，(施)法、财、慈悲、无畏四种布施。他还指出了预备灌顶的十二次第，即正心、内灌顶、祝祷、令持戒、护持加被、投花、授捧水及姑沙草及护绳三事、安置六种子字、警觉金刚勇识、发欢喜心、持验梦真言等。在正式传授时轮金刚密时，九世班禅再作正授时轮金刚灌顶，并作开示；后来又对部分信众作了如意七灌顶，亦作了详细地开示。这是九世班禅在内地传法最细致的一次。法会后，班禅分别作了《佛教与总理遗教的平等观》、《发菩提心，团结救国》的讲演，号召全国僧俗民众团结起来，共同抗日。5月，太虚法师抵至杭州，从班禅大师接受灌顶。班禅对太虚推进的佛教改进运动以及支持汉地僧人前往西藏求法、建立研究西藏佛教的机构等活动予以赞誉。

班禅不仅以游走的方式在内地传法，为方便修学者，还在上海、北京等地建立了固定的藏密修习中心。1935年11月，上海菩提学会正式成立，它是九世班禅有组织、有计划地在上海向内地传播藏传佛教的根本道场；在班禅的努力下，教育部也批准蒙藏学院在上诲成立。1934年，九世班禅在北京成立密藏院，组织藏密高僧在京弘传藏密，他亲授原西藏扎什伦布寺密乘札仓法台宝金刚上师为该院堪布，并让安钦呼图克图在此传百法灌顶等法，汉人阿阉黎韩大载也曾主事密藏院。1938年，班禅安排后藏札什伦布寺萨钦呼图克图在密藏院为各族弟子传法、译经；此后又在北京创建菩提学会，地址在今北海公园内，由安钦呼图克图任第一任理事长，后由汤芗铭继任。

在九世班禅的影响下，藏密东传运动得到了长足发展，越来越多的藏传佛教高僧投入到传法活动中，如十七世甘珠活佛、安钦呼图克图、荣增堪布、宝珍金刚上师、东本格西、阿旺堪布、辛上师、贺上师、诺姆启堪布、圣露格西、宝金刚上师、萨钦呼图克图、索南般若灯喇嘛、悦西格西等。在他们的影响下，越来越多的汉地僧侣与信众也投入藏密东传的求法与传法事业。可以说，正是在九世班禅的传法感召下，在汉藏蒙佛教徒的共同努力下，藏密东传运动进入到广泛传播阶段。