莲花生大师在藏传佛教里信仰极为崇高，后被西藏法王称许为西藏人的保护神。至今奉守其传统的宁玛派，尊莲花生大师为共同的根本上师。

从世俗角度来讲，莲师现在已前往罗刹洲，在红色铜山为罗刹众生转法轮;但就实相而言，莲师的本体无来无去，在业力清净者前，随时可以显现，对可怜众生的悲悯也从未间断，无论是谁祈祷，莲师都会住于其前，赐予加持、安慰和护佑。

莲师不仅仅莲师对凡夫具有无量悲心，有一位为整顿大圆满而降临藏土，与莲师齐名的大遍知比马拉米扎显现的——阿格旺波尊者，他生生世世也得到了莲师不离的护持。

自宗不少大德曾多次强调，藏地修行的起步首要就是《莲师传》《金刚七句祈祷文》和莲师心咒。阿格旺波尊者也是如此做的，并得到了殊胜悉地。尊者在自传里回忆了七岁时亲见莲师的经历：

叔叔对我说：“现在应该学《莲花生本生传》。”我念了几遍后就感到莲花生大师对西藏的恩德比三世诸佛还大，因而对莲师生起了不可改变的信心，并常念《七支祈请文》和莲师心咒，在夜晚作恶梦时也能想起莲花生大师，并会叫出：“莲师知!莲师知……。”

有一次，一位女人来给我当向导，她领着我像鸟一样飞向西南方上空，所过之处看到很多不同的地方，那女人都一一作了介绍。过后，看见一个有铁围墙的大国，一刹那降落在北门口，益喜措嘉空行母手持白银宝瓶为我沐浴。同时来了一位实际是当金·多吉勒巴的白色大丈夫，将我从铁围墙东门带进城。看到了铜色吉祥山光明宫殿，从南门进入后见到宫殿里雄伟庄严，中央美丽的八瓣莲花上有塑像一样的八相莲师，我以猛厉的虔信心念诵《七支金刚祈请文》后，看到塑像的外壳浮云般消失了，里面显出八相莲师真相，莲台的每一瓣上都有三千大千世界，并且有一尊佛陀和一尊莲师，我在莲师前得到了一个灌顶，后来想这个灌顶很像伏藏大师热那林巴的意修仪轨灌顶。莲师还对我说：“你年满二十五岁就会成为大自在眼天子。”二十五岁时，我学完了一切经论，可能就是授记这件事吧!当时，我虽然还是一个没有成熟的学童，对上面那些甚深密义很难理解，但对那些法要还是明了的。

纵观阿格旺波尊者一生，从认字开始，莲师就已赐予他加持和授记，为其一生成就开创了特别殊胜的缘起。时据莲师授记，阿格旺波尊者二十五岁得到大自在眼。辽西龙多将莲师以来单传的大口耳窍诀根本法主赐予阿格旺波后，依师嘱咐，阿格旺波二十五岁完成依止麦彭仁波切的显密经论学习，得到了不共摄受和圆满传承。此时，阿格旺波尊者已经能够开启弘扬大圆满的利生事业。这一切都是和莲师加持无法分开的。