元代华严宗僧徒主要是祖述唐代的澄观、宗密思想以及宣唱经典和着力修持为主，理论上无多少创见，著述也不多。此一时期的华严教僧分布于全国各地，而尤以五台山、元大都和江南三地为多。于五台山传播华严学的有文才、大林了性和幻堂宝严等，元大都著名的华严教僧有妙文、德谦、善柔、定演等。而在江南各地则有浦尚、善学、大同、普瑞等。

五台山寿宁寺也有华严传承。寿宁寺古名王子焚身寺，始建于北齐中期。金末此寺毁于战火。时有普雨大师者，雁门人也。披剃从缁，戒行无阙。躬口帝阙，亲受皇宣，特赐普雨大大师之佳号，开立五台之山门。覩此荆榛。喟然兴叹，奋大愿力，誓复故规。凿辟荒芜，恢宏旧口，重兴梵宇，再整伽蓝。使寿宁宝剎腾光，玉殿瑍楼晃耀。根据《祁林院历代圣主恩慧抚护碑》记载，先是兵革扰攘，本寺田土多为豪民之所占种。后遇合罕皇帝登于震极，普雨大师亲受圣旨，抚护山门，命文深、文用二师为口使臣。凡寺之常产，在于坚州地面者，例皆归复，聊备一时之供，僧众稍以得安。此中所述的合罕皇帝是指太宗窝阔台。由此可知，普雨为金末元初的僧人，为元初汉传佛教的恢复做出了贡献。文中所说的文用有一行童，后来被称为华严菩萨。

除五台山外，元大都与江南各地也聚集着许多华严宗僧人，宣讲华严经教，依教修行。

京师大都宝集寺有一隐然若显的华严传承。缪全荪辑《顺天府志》卷七宝集寺项下引《析津志》所录《宗原堂记》，文中说：宗原堂者，大宝集寺之丈室也。佛殿前石幢刻曰：大唐幽州宝集寺。唐碑亦有宝集之名，寺创于唐世可考见矣。辽统和间，沙门彦珪大开讲筵，继者彦琼、宗景，克弘圆顿之教。重熙间，慧鉴以左街僧录检校文章应制大师，赐紫金。传妙大师思愿尝命较试经典，通慧圆照大师、崇禄大夫检校司空智遍，皆振其道于天会之间。大定间，沙门澄晖重兴寺宇，行业昭着，翰林学士承旨党文献公为题诸扁榜。大觉圆通大宗师守司空志玄，当承安间，统领沙门；暨归国朝，行业高峻，王侯将相，争趋下风。世称长公。这段史料讲述的主要是大宝集寺从辽代至元代中后期历代住持传播华严宗的法脉传承情况。其中，辽统和（983 1011）间，沙门彦珪大开讲筵，继之者有彦琼、宗景。文中的圆顿之教很大可能指华严宗 .重熙年（10321055）间，慧鉴被赐紫金袈裟。辽天会年（11231137）间，有传妙大师思、通慧圆照大师、智遍等弘扬其教。金大定年（11611189）间，沙门澄晖重修被战乱破坏了佛寺。此事，《元一统志》记载为金大定十六年重修。至金末元初则有志玄弘扬华严宗。金承安年（11961200）间，志玄任僧官，统领沙门。志玄被尊称为长公，影响继续扩大。《元一统志》卷一大明寺条下：按《重修寺记》，乃宝集寺大觉圆通大师志玄，大元开国统御之际，见古燕大明古刹物老僧残，考其遗迹，乃金正隆二年安远大将军甄孝兴所建，旧名甄乐。师以金易其地，打阐法筵，律仪为世所重。门资洪济极老复开疏增修。

关于宝集寺在元代的传承，《宗原堂记》记载：一传而为领释教都总统传戒三学都坛主行秀；再传而为领诸路释教都总统三学都坛主园明；继以领释教都总统开内三学都坛主、开府仪同三师、光禄大夫大司徒邠国公知拣。这里讲到入元之后，宝集寺的三代传承，加上后文所说的妙文、晋宁则堂仪公则为五代。

关于领释教都总统传戒三学都坛主行秀的所指，目前的资料有限，但可以肯定，此行秀不大可能是是金末元初曹洞宗高僧万松行秀。关于万松行秀住于宝集寺的文献材料，目前仅见于《补续高僧传》卷十八：次，迁宝集、万寿，又移席报恩。而经过查考，元代设立释教都总统的职位是在万松行秀圆寂（1246）之后。根据文献记载，禅宗临济宗的海云印简（1202-1257 ）于元定宗二年（1247）统僧。丁未年（1247），贵由皇帝即位，颁诏命海云统僧，赐白金万两，师于昊天寺建大会为国祈福。辛亥年（1251），蒙哥皇帝即位，颁降恩诏，顾遇优渥，命师复领天下僧事。蠲免差役，悉依旧制。在海云之后，担任释教总统的是禅宗曹洞宗高僧雪庭福裕（12031275）。宪宗癸丑年（1253年），福裕被宪宗蒙哥召诣帐殿，奏对称旨，授都僧省之符，领导佛教。这应该是释教都总统所设置的时间上限。至元二年二月甲子，诏谕总统所，僧人通五大部经者，为中选。已经有释教都总统所的明确记载了。而宝集寺行秀何时担任释教都总统，文献未明确记载，不过可以凭借善柔的生平行历作一大致推断。

关于崇国寺华严传承，现存的《大元重修崇国寺碑》及其碑阴额《祖师隆安传嗣之图》有丰富的资料可供研究。其中，《大元重修崇国寺碑》记载：孤峰智学，十一岁皈依崇国寺敬公剃发。壮年游学，随洪公学，游刃《华严》等经论。后于崇国云岩如公处。愈事讨研，遂嗣其法。至正壬午主南城之崇国。至正壬午为1342年。至正十四年（1354）七月十四日《大都崇国寺圣旨碑》中有大都里有的南北两崇国寺、天寿寺、香河隆安寺、三河延福寺、顺州能云寺、遵化般若寺等寺院里住持佛日普明静慧大师孤峰讲主学吉祥的称呼，可知，智学法师兼了六所佛寺住持。由这些可推知，崇国寺的华严传承一直压延续到了元末。

在江浙一带传播华严宗且影响较大的是大同法师一系。而根据宋濂在《佛心慈济玅辨大师别峰同公塔铭》中所记载，大同法师是南山萃冥嗣法弟子，而南山萃冥是数种华严宗法脉都列入的祖师。

江浙一带著名的华严僧人还有盘古丽水、浦尚希谷和古庭善学等。

元代在云南地区传播华严宗义的是苍山再光寺沙门释普瑞。普瑞法师，生卒年不详，字雪庭，别号妙观，云南榆城人。少年出家，后参学于皎渊法师，得到印可。不久，信众建再光寺，延请普瑞任该寺第一任开山主持。普瑞积多年心血，撰成《华严玄谈会记》四十卷，虽印心南宗，恒阐华严为业。普瑞还善于讲经，普瑞每登讲席，发音铮铮，弘纲微绪，莫不毕宣。听者悦怿，四众归心. 从典籍的角度说，普瑞的《华严玄谈会记》为注释澄观《华严疏钞》最重要文献，明初收入《北藏》。此外，西夏兰山云岩慈恩寺护法国师一行沙门慧觉曾经集成《大方广佛华严经海印道场十重行愿常遍礼忏仪》，普瑞作补注。普瑞嗣法弟子有黄龙无相与净众寺无相。