转依是瑜伽行派和法相唯识宗的解脱理论，概括了其依据唯识理论和三性学说而提出的全部修习目标。转，即转变、转化，有转舍与转得两义；依，谓依持，所依指染净法共同依持的阿梨耶识；转依，即转舍劣法之所依，而证得胜净法之所依。断除烦恼、所知二障，是转舍之法；证得涅盘、菩提二果，是转得之法。通俗地说，转依就是通过宗教修习，使阿梨耶识中染污的有漏种子不断减弱消失，清净的无漏种子不断增强滋长，最终转染成净，转识成智；杂染的阿梨耶识转变成清净的智慧，世间即转化为出世间，众生也就成佛了。转依有时候也表达为转识成智。转识成智是通过阿梨耶识中种子的消长生灭来实现的，为了说明这一过程，又建立了种子和现行互为因果的熏习理论。

种子是一种譬喻，以植物的种子能结相应的果来譬喻阿梨耶识中蕴藏有变现世界诸法的潜在功能，并以此说明世界万法的差别性。认为阿梨耶识是一切现象的总根源，世界万法都是由阿梨耶识所变现，现象之所以千差万别，就在于阿梨耶识中藏有种种性质不同的种子，相应的变现不同的万法。《成唯识论》卷二云：何法名为种子？谓本识中亲生白果功能差别。阿梨耶识中各种不同的能够亲生与自己相应的果报的功能，即谓种子。种子是产生万法的潜能，种子发生作用，显现万法，叫做现行。种子之义，据《成唯识论》卷二，略说有六种：一是刹那灭，意谓体才生，无间即灭；二是果俱有，意谓与所生现行果法俱现和合，同时而有；三是恒随转，意谓要长时一类相续，至究竟位，无有转易间断；四是性决定，意谓随因力生善恶等功能决定，即善因生善果，不生恶果，恶因生恶果，不生善果；五是待众缘，意谓此要待自众缘合，功能殊胜，若无众缘，种子不能自然顿生万法；六是引自果，意谓于有别色、心等果，各各引生，即色法种子引生色法之果，心法种子引生心法之果，色心等法皆由各自的因引生各自的果。只有兼具上述六义，方成种子。

种子就其善恶性质而言，可分为有漏（染污）种子和无漏（清净）种子两大类，分别为世间诸法和出世间诸法之因。有漏种子起作用时，令众生流转生死，轮回不息，当阿梨耶识转染成净，有漏种子被净化，无漏种子起作用时，就能令众生还灭而证得涅盘。种子就其生境作用而言，又可分为共相种子和自相种子两类。共相种子指产生山河大地等人们共同依存的客观环境的种子，自相种子指决定个体自性差异的种子。若就种子的来源而言，则种子又分为本有和始起两大类。本有种子指无始来先天本来就有的种子，始起种子指后天由于前七识的现行熏习而有的种子，故又名习所成种。这两类种子都需要熏习，即使是本有种子，也要经过熏习才能不断地有所增长。

何为熏习？《成唯识论》中说：熏者，发也，或由致也。习者，生也，近也，数也。即发致果于本识内，令种子生，近令生长故。熏习就是前七识的现行对第八阿梨耶识连续熏染的影响作用。因此，熏习又分能熏（前七识现行）和所熏（第八阿梨耶识）两个方面。能熏有四种含义：一有生灭，谓非恒常，能有作用，生长习气；二有胜用，谓有强盛的生灭功能，能引习气；三有增减，谓可增可减，摄植习气；四与所熏和合而转，谓与所熏同时同处，不即不离。上述四义，唯前七识具有，故前七识为能熏。所熏也有四种含义：一坚住性，谓始终一类相续，能持习气；二无记性，谓无善无恶，无所违逆，能容习气；三可熏性，谓独立自在，性非坚密，能受习气；四与能熏共和合性，即与能熏同时同处，不即不离。唯有阿梨耶识具有上述四义，故唯有阿梨耶识是所熏。

阿梨耶识中的种子只是生起万法起决定作用的因，另外还得有缘，这就又在种子说的基础上提出了缘生论，包括四缘：因缘、等无间缘、所缘缘和增上缘。因缘指直接产生自果的内在原因，也就是种子和现行（现行能生种子，种子则既能生种子，又能生现行），此缘适用于物质的和精神的一切现象；等无间缘是说前念不断地让位于后念，在前念灭与后念生之间无任何间隔，此缘适用于精神现象；所缘缘，谓以所缘境为依托，实际上是指认识的一切对象，瑜伽行派特别强调，这种认识对象是心识所挟带的，所缘境只是能缘心似所缘之相，并非真有离识之外境；增上缘，指起辅助作用的缘，顺的助缘帮助成功，违的助缘匝碍成功。以上四缘中，最基本、最重要的是因缘，它强调了法相唯识宗所坚持的阿梨耶识中的种子变现万法的唯识观点。

种子与熏习说的建立为瑜伽行派和法相唯识宗论证转识成智的解脱途径提供了理论基础。阿梨耶识中染污的有漏种子和清净的无漏种子能生起前七识的种种现行，而前七识的现行又会反过来对阿梨耶识产生持续的熏染作用，使阿梨耶识中的种子不断生长。通过种子和现行互为因果的熏习，就有可能实现转染成净、转识成智的解脱。种子与现行的因果关系具体说来又有三种情况：一是种子生现行，种子是因，现行为果；二是现行生种子，现行为因，种子为果；三是种子生种子，种子自类相生，前种为因，后种为果。转依说特别强调种子和现行的这种相互作用，认为种种修行的目的，就是促使阿梨耶识中的无漏种子逐渐增长，有漏种子逐渐减弱乃至断灭。当有漏种子完全断灭而不再发生作用，无漏种子充分增长而得以显现之后，八识就会转成四智：前五识成成所作智，第六识成妙观察智，第七识成平等性智，第八识成大圆镜智。这样，转生死为涅盘、转烦恼为菩提的转依也就得到了实现。

瑜伽行派和法相唯识宗有时也直接从对唯识真如的迷与悟来说明由生死到涅盘的转依。《成唯识论》中说：依即是唯识真如，生死涅盘之所依故，愚夫颠倒，迷此真如，故无始来，受生死苦；圣者离倒，悟此真如，便得涅盘，毕竟安乐。由数修习无分别智，断本识中二障粗重，故能转灭依如生死，及能转证依如涅盘，此即真如离杂染性。如虽性净，而相杂染，故离染时，假说新净，即此新净，说为转依。意思是只有把对真如（是法真理）的迷（识）转为对真如的悟（智），才能转阿梨耶识中的染分为净分，反之，只有转阿梨耶识中的染分为净分，才能实现由迷到悟的转变。这样，转依实际上就有了由染到净和由迷到悟这互为条件的两种转依。染净依归于心识，迷悟依归于真如（理），心和理就不完全是一回事，这与中国佛教天台、华严和禅宗普遍把心和真如视为不二的观点有很大的差异，对当时及以后的佛学乃至宋明理学都产生了一定的影响。