从清珙诗歌创作的题材及其内容，可看到其思想特点——以宗教精神浸润自然山水的诗歌创作思想。

清珙热爱山林，对于山川树木，鸟兽虫鱼等景物有着深厚的感情。但是，清珙并非以审美的姿态走向山林，而是因为山林中的物境符合其心境而入住山林。物境和心境的和谐交融，既是清珙的生活追求，也是宗教追求。具体地讲：清珙这位禅师，追求禅心与禅境的交融，从而达到深入禅境寻求真如的目的。这样，也使得清珙在诗歌创作中追求禅理与禅境的交融，并形成以宗教精神浸润自然山水的诗歌创作思想。对此，他自己有过表述，在门徒为其结集的《石屋珙禅师山居诗》中，清珙作其自叙曰：

余山林多暇，瞌睡之余，偶成偈语。纸墨少，便不复记录。云衲禅人请书之，盖欲知我山中趣向耳!于是随意走笔，不觉盈帙，掩而归之。慎勿以此为歌咏之助，当须参究其意则有激焉!

在此，清珙指明对他的诗作不应采取“歌咏之助”的态度，而应当参究其中意蕴而有所启迪。从另一个角度上，可看出清珙对诗歌创作的目的和见解，即以理入诗，以宗教精神浸润自然山水的诗歌创作思想。于宗派而论，清珙这种思想是有渊源的，禅宗是崇尚山林的佛教宗派，禅宗佛性论认为：自然物象都是佛性真如的体现，“青青翠竹，尽是法身;郁郁黄花，无非般若”。禅宗的佛性论使得禅僧们常到深林里观照自然景物，返境观心，禅悟瞬间而永恒的真如。清珙在进行诗歌创作时，总是凭宗教精神刻画、描绘自然山水，于诗中寓入禅家理念。由此，在清珙思想意旨作用下，“山色溪光明祖意，鸟啼花笑悟机缘”(《山中吟》)。清珙在物境与心境和谐交融的状态下，默默悟禅机，从而用诗形状，其诗作便或浓或淡地蒙上禅理色彩，如：

道人缘虑尽，触目是心光。

何处碧桃谢，满溪流水香。

草深蛇性悦，日暖蝶心狂。

曾见樵翁说，云边霅书房。

——《山中吟》

“触目是心光”的清珙，于“平怀处”的诗作便有了“月在青天影在波”的“禅心月圆”的境界了。