《起信论》显示大乘正义,提出一心二门理论:

显示正义者,依一心有二种门。云何为二?一者,心真如门,二者,心生灭门;是二种门,皆各总摄一切法。此义云何?以是二门不相离故【《大乘起信论》,《大正藏》卷三二,576a。】。

《起信论》所提示的心是超越的真常心,此真常心是一切法的依止。由于生死流转及清净无漏的一切法都是依止于如来藏自性清净心,所以由如来藏自性清净心开出二门:一、生灭门,指生死流转的现象,有生有灭,刹那变化;二、真如门,即开出清净法界门。

所谓心真如,就是心性的不生不灭。从不生不灭义来说,就是真如义;从诸法理性说,一切法平等,超越言说、文字、心缘的境界,这是与唯识、中观的说法相一致的;但是,《起信论》把不生不灭的真如法性说成众生的心性,这是与唯识、中观不同的地方。所以,真如不再仅是一切法的法性理体,而且是蕴含着无边潜能的心性动力。所以,一切法的差别相、境界相、名字相、言说相、心缘相等等,都是由妄念而生起。妄念不是真心自己,是后天的、经验的、心理学的,由妄念而生的差别相本质上即是虚妄不实的。因为真如心是心与法性的不离统一,所以具有二义:

此真如者,依言说分别,有二种义。云何为二?一者、如实空,以能究竟显实故;二者、如实不空,以有自体具足无漏性功德故【《大乘起信论》,《大正藏》卷三二,576a。】。

《起信论》将真如理解为空与不空,是依《胜鬘经》的空如来藏和不空如来藏而来。真如心从真如法性方面说,是如实空,即空妄念而显一心之实;从心方面来说,是如实不空,指众生真如心中本具真常无漏功德的清净法。

《起信论》是彻底的唯心论,依众生心建立生死流转与解脱还灭,一切以心为本。在心真如门中,举真心为根本;心生灭门中,举生灭心--阿梨耶识为根本,展开现实人生万象。所以说:心生灭者,依如来藏故有生灭心,所谓不生不灭与生灭和合,非一非异,名阿梨耶识。【同上书,576b。】

这里的生灭心不但是从刹那生灭而说,而且是从缘起的流转与还灭而说。所以,心生灭为本的生灭门中,含摄有清净与杂染,随染与随净的两面。我们的真心其自性本来清净的(不生不灭),为什么又有染污法(生灭)呢?这完全是因为无明的插入,即所谓的无明风动。无明是无根的,亦没有一实体,它只是我们于忽然一念不觉时所呈现出来的一种昏觉相。所以,生灭心念不离真心,即是凭依真心而起,但其直接起因却是无明。真心只是其凭依因,并非其生起因。心念凭依真心而起,即示不但净法统于心,即一切染法亦统于一心。只是染法是间接地统,净法是直接地统,所谓称性功德也。称性即相应心性而起之功德。间接地统只是凭依义,虽不离,而实不相应【牟宗三:《心体与性体》(上册),500～501页。】。所以,称为不生不灭与生灭和合,非一非异。

《起信论》对于心生灭门之种种相状所进行的实存的现象学分析,决不能视如日常心理活动事实的一种纯客观性观察与记述,而是有意唤起众生的心性,使其能从生死流转的非本然性状态(不觉)实存地自我觉醒(始觉)之后,复归本然心源(本觉)的一种诱导或启蒙工作。在这过程中,起着贯穿与统一作用的是阿梨耶识,所以阿梨耶识便具有觉与不觉二义。这是从阿梨耶识所凭依之心真如体而言觉,从由于无明而起生灭心念而说不觉。所以,《起信论》说:依本觉故而有不觉,依不觉故说有始觉【《大乘起信论》,《大正藏》卷三二,576b。】。始觉是说明从生死到成佛、从迷到悟而说的次第。本觉与始觉,相依相待而有;依于当下显得本觉的不觉(说到不觉,即意味着觉性的本在),到转去不觉而显现真觉,即名此觉为始觉。始觉在本质的意义上同于本觉,只差有圆满不圆满、究竟不究竟而已。及其究极圆满,完全离念,直至心源,洞悟生之无生,那便是本觉全体朗现,即心真如体全体朗现。所以,《起信论》一心二门思维模式的展开,首先从本体论上确立一心为大乘法体,一心有二个属性--心真如和心生灭,两者不相舍离,统一中有矛盾,而矛盾中又有统一。真如心一方面显示了如实空的特点,从本以来不与染法相应,另一方面显示了自性具足无边清净功德,二者表现了超越真心之肯定,而且是本有、真实、呈现。生灭心是不离真如而现,所以含摄有本觉性--开展清净解脱的根据,和不觉性--开展杂染生死一切事象的本源。因此,理体与事相,理想与现实,杂染与清净都统一于一心中。

一心二门的思维模式表现出了不二与二的吊诡--不二而二,又同又异。一心正因原本不二,开出二门,即心真如门与心生灭门;依究竟不二的如来平等法身而有本觉之名,依此随即产生觉与不觉之分;心真如原本不二,依此而有离言真如与依言真如之分;依言真如原亦假名,但又许有如实空与如实不空之分;即使心生灭门也是如此,分别净法熏习与染法熏习,如此说明染净相资的现象。正因为这种不二而二的思维模式,所以觉与不觉的同异二相究竟平等不二,所以现实界所呈现的种种差别,都是本然实存心源的表现,后来天台的一色一香,无非中道、华严的事事无碍、禅宗的砍柴搬水,无非妙道都与这种一即一切,一切即一的宗旨相契合。

这种创造性的思维模式在中国哲学中具有重要意义,不但深深影响了后来的中国佛教,而且经过儒佛道三家的冲突与融合,通过禅宗与华严宗的传载,在本体论、心性论方面对宋代理学产生了深刻的影响。